按照国家新闻出版广电总局《关于开展第三届中国出版政府奖评选表彰活动的通知》要求，国家卫生计生委于2013年9月初开始，按照评选范围、条件及程序，根据《医药卫生期刊综合评估体系(试行)》的具体要求，组织专家对主管参评期刊进行审读、评定。按照综合评价总分排序(总被引频次、影响因子、他引率、平均引文率、基金论文比等)，从政治问题、科研设计、编辑规范、出版质量、广告等方面进行审读，确定25种期刊为国家卫生计生委首届优秀期刊。并将前10名推荐参评“第三届中国出版政府奖”期刊奖。
《中华行为医学与脑科学杂志》依据全面提升期刊质量的总体要求，解放思想，集思广益，创新工作，以“国内一流精品期刊”为目标定位，积极推进精品期刊建设，长期坚持“社会效益与经济效益兼顾”、“学术性与应用性相结合”、“立足前沿，贴近临床，服务读者”、“高学术水平，高知名度”、“作者喜爱，读者喜爱”的办刊方针，全力推进精品期刊建设的各项工作。
《中华行为医学与脑科学杂志》获得“国家卫生计生委首届优秀期刊奖”、“中国精品科技期刊”、“中国权威学术期刊”等荣誉，标志杂志的办刊质量和学术影响力显著提高，已成为公认的国家级精品科技期刊。
