“中华医学会行为医学分会”原名“中华医学会行为医学及生物反馈分会”，由国内沈家麒、杨菊贤、杨志寅等学者发起，成立于1989年8月。1990年10月在天津召开成立大会和全国首届行为医学学术会议，上海中医药大学沈家麒教授当选第一届主任委员；1994年更名为“中华医学会行为医学分会”；1996年5月，上海第二医科大学杨菊贤教授当选第二届主任委员；2005年1月济宁医学院副院长杨志寅教授当选第三届主任委员；2009年11月，杨志寅教授连任第四届主任委员；2012年11月济宁医学院院长白波教授当选为第五届委员会主任委员；2015年12月济宁医学院院长白波教授连任第六届委员会主任委员。2019年3月复旦大学季建林教授当选第七届委员会主任委员，济宁医学院吉峰教授当选第七届委员会候任主任委员。

在中华医学会的领导和历届主任委员的主持下，坚持学会宗旨，团结全国广大行为医学工作者，认真执行学会的各项制度，在促进中国行为医学的发展，加强与国际行为医学界的交流，普及和推广行为医学的基础和应用技术、临床诊断和治疗以及培养行为医学人才等方面均做出了显著成绩。2009年学会设立“中华行为医学奖”，进行了三届的评选，杨菊贤、杨志寅获中华行为医学终身成就奖，梁浩材、张理义、李振涛、刘新民、程灶火获中华行为医学杰出贡献奖。Joost Dekker、徐俊冕、王祖承获中华行为医学特别贡献奖。

2008年8月中华医学会行为医学分会正式加入国际行为医学会，2010年10月成立了中华医学会行为医学分会青年委员会。2012年2月，在中华医学会组织管理部的指导下，中华医学会行为医学分会成立了9个学组，确定了组成人员，并在分会的指导下开展丰富多样的学术活动。山东、上海、湖南、天津、山西、广西、安徽、广东、河北、浙江、甘肃等10余省市相继成立了省级行为医学分会，部分地级市行为医学分会也先后成立。2015年在中华医学会成立百年之际，中华医学会被评为中华医学会优秀专科分会。

近5年来，学会专家、会员承担国家自然科学基金、国家科技支撑计划及省部级科研项目，据不完全统计达100余项。主编出版普通高等教育“十一五”国家级规划教材3部，相关专著50余部。主持编撰的《行为医学专业标准化名词》已于2007年由国家名词委颁布实施。编辑出版的学术期刊《中华行为医学与脑科学杂志》为《中文核心期刊要目总览》核心期刊、中国科技核心期刊、中国精品科技期刊、中华医学会优秀期刊。

学会组织专家积极参加科学普及教育和社会公益活动。“行为决定健康”科普丛书被列为国家科技支撑计划项目及中国科协重点项目，目前已编撰出版30余部。学会杨志寅、白波教授与钟南山院士、王陇德院士受邀参加2010年上海世博会――相约名人堂与院士一起话健康，引起了极大轰动。“行为决定健康――科普教育全国百城巡讲活动”在全国陆续展开。分会提出的多项建议已被政府部门采纳，为卫生政策的决策、制定提供了科学依据。近年来，分会还提出行为医学的新理念，如“行为决定健康”、“心理健康是健康的灵魂，行为健康是健康的基石”等，对推动行为医学学科发展，增强国民健康观念起到了重要作用。